وشغل قوش منصب مدير المخابرات السودانية طوال عقد قبل إعفائه وتعيين ﻋﻄﺎ بديلا له عام 2009، حيث كان ينظر إليه باعتباره الرجل القوي في النظام السوداني، لكن جماعات حقوقية غربية تتهمه بلعب دور في انتهاكات بإقليم دارفور.
وخلال عهده تعزز التعاون بين المخابرات السودانية ونظيرتها الأمريكية (سي آي أيه)، وبعد مغادرته الأجهزة الأمنية، شغل منصب مستشار رئاسي، إلا أنه أقيل من منصبه مطلع عام 2011.
وفي 2013، أفرجت السلطات السودانية عن قوش، بموجب عفو رئاسي، بعد اتهامه مع ضباط آخرين بمحاولة انقلاب كان يمكن أن يحكم عليه، لو أدين فيها بالإعدام.